Описание

Микрочиповый амплификатор нуклеиновых кислот «АриаДНА» реализует новый формат проведения ПЦР – в микрочипе, который содержит 30 реакторов объемом 1.2 мкл и изготовлен из кремния или алюминия. Оптимизация материала чипа по теплопроводности позволяет сократить время амплификации за счет ускорения нагрева и охлаждения, а небольшой объем реактора – экономить реагенты.

Детекция флуоресцентного сигнала производится в двух диапазонах длин волн. В настоящее время ведется разработка прибора «АриаДНА-4» с регистрацией сигнала в четырех диапазонах.

Особые преимущества «АриаДНА^®» приобретает при использовании чипов с лиофилизированными тест-системами. В этом случае упрощается постановка ПЦР за счет исключения процедуры работы с реактивами. Оператору необходимо подготовить и ввести пробу в микрореакторы.

Особенности микрочипового амплификатора нуклеиновых кислот «АриаДНА^®»

• Время проведения ПЦР (45 циклов)  - от 20 минут
  за счет высокой скорости нагрева/охлаждения образцов (10–12 °С/с);
• Малый расход проб и реагентов;
• Возможность проведения ПЦР-РВ на микрочипе, содержащем лиофилизированные тест-системы
  сокращает трудозатраты пользователя;
• Определение ДНК/РНК;
  проводится одновременно в 30 микрореакторах на двух каналах детектирования (FAM, SYBR Green / ROX);
• Минимизация риска контаминации
  проба вводится под слой герметизирующей жидкости;
• Программное обеспечение
  удобный пользовательский интерфейс, отображение текущих параметров ПЦР, автоматическая генерация отчетов, экспорт результатов, обеспечение контроля доступа.

Процедура работы

Полимеразная цепная реакция проводится в микрочипе при термоциклировании по заданному протоколу. Одновременно производится считывание аналитического сигнала, создаваемого ПЦР-продуктами, и вывод информации на экран монитора.

Образцы ДНК/РНК дозируются в микрореакторы чипа, который затем помещается в прибор. С компьютера настраивается протокол термоциклирования и запускается анализ. Дальнейшие действия происходят автоматически.

Области применения

• Пищевой контроль, производство пищевых продуктов - определение Salmonella и Listeria
• Клиническая диагностика - определение возбудителей ИППП
• Генетическая диагностика и фармакогенетика - выявление мутаций, определяющих предрасположенность к тромбофилии и влияющих на назначение варфарина
• Ветеринария - определение возбудителей, являющихся причиной аборта КРС

В настоящее время компания предлагает микрочипы с лиофолизированными тест-системами для:

• Пищевой контроль, производство пищевых продуктов
  • качественного определения ГМО (35S, tNos, NptII, соя, кукуруза, ВКО);
  • обнаружения Salmonella enterica и Listeria monocytogenes в смывах, мясе и патматериале
• Клиническая диагностика
  • определения 8 ИППП: Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Ureaplasma spesies, Mycoplasma hominis, Candida spesies, Herpes simplex virus 1 и 2 типа
• Генетическая диагностика и фармакогенетика
  • выявления предрасположенности к тромбофилии (20210G/А полиморфизм гена F2, 1691G/A полиморфизм гена F5, 677С/T и 1298A/C полиморфизмы гена MTHFR человека)
    Протромбин (F2) и коагуляционный фактор V (F5) являются одними из основных компонентов системы свертываемости крови. Гетерозиготная мутация гена F2 приводит к сверхпродукции протромбина и усилению свертывания крови. Она встречается в европейской популяции с частотой 2-3% и является показателем риска развития тромбозов и инфаркта миокарда. Мутация Лейдена или мутация гена F5 (гетерозигота) встречается в европейских популяциях с частотой 2-6%. Эта мутация способствует замедлению деградации фактора коагуляции 5, что приводит к гиперкоагуляции и повышенному риску образования тромбов.
    Метилен-тетрагидрофолат-редуктаза (MTHFR) является ключевым ферментом метаболизма фолиевой кислоты переводит фолиевую кислоту в ее активную форму 5-метилтетрагидрофолат, который необходим для образования метионина из гомоцистеина. Мутации гена MTHFR приводят к нарушению работы ферментов и избыточному накоплению гомоцистеина в плазме крови. Повышение уровня гомоцистеина в крови имеет выраженный атерогенный и тромбофилический эффект. Частота встречаемости мутаций гена MTHFR составляет 40-50% (гетерозигота) и 5-10% (гомозигота).
    Следует отметить, что сочетание мутации гена MTHFR и мутации Лейдена значительно повышает риск развития венозных тромбозов.
  • Выявления мутаций, ассоциированных с индивидуальной чувствительностью к варфарину (430C/T и 1075A/C полиморфизмы гена CYP2C9 и −1639G/A полиморфизм гена VKORC1 человека)
    Изофермент цитохрома P-450 CYP2C9 является главным ферментом биотрансформации непрямых антикоагулянтов. Аллель дикого типа CYP2C9*1 характеризуется нормальной каталитической активностью фермента. Аллели CYP2C9*2 (замена 430C>T) и *3 (замена 1075A>C) характеризуются сниженной и значительно сниженной активностью фермента, соответственно. Частота встречаемости аллели CYP2C9*2 в европейской популяции составляет 12 %, аллели CYP2C9*3 — 6%.
    Ген VKORC1 кодирует витамин K эпоксид редуктазу, которая является мишенью действия варфарина. Полиморфизм −1639G/A характеризуется сниженной экспрессией гена VKORC1, и ассоциирован с повышенным риском кровотечений. Частота встречаемости данного полиморфизма в европейской популяции достигает 40%.
• Ветеринария

• • выявления инфекций, приводящих к абортам у КРС: Chlamydophila pecorum, Chlamydophila abortus, Brucella spp., Ureaplasma diversum, Trichomonas foetus, Campylobacter fetus, Campylobacter jejuni, Listeria monocytogenes и Leptospira interrogans

Технические характеристики

• Расход реагентов (2-х кратная ПЦР смесь): 1 мкл
• Объем пробы, требуемой для анализа: 2 мкл
• Полное время анализа (45 циклов): от 30 мин
• Минимальное содержание копий ДНК в анализируемой пробе:1–5 копий ДНК
• Скорость термоциклирования образца: нагрев 12 °С /с, охлаждение 10 °С/с
• Число одновременно анализируемых реакторов в одном микрочипе: 30
• Канал детектирования 1, краситель: FAM, SYBR-Green I
• Канал детектирования 2, краситель: ROX
• Управление от внешнего персонального компьютера: да
• Наличие программного обеспечения для выполнения ПЦР анализа, настройки, ведения баз данных: да
• Число одновременно анализируемых реакторов в одном микрочипе: 16-48
• Расход реагентов (2-х кратная ПЦР смесь): 0,5-1 мкл
• Использование микрочипов, содержащих лиофилизированные тест-системы: да